大学院組織について
大学院は、学部での基礎知識を活かし、自らが研究の目標を定め、研究課題を見つけ出し、研究課題に対して解決方法を探し出す能力を磨きます。また、研究課題に関してのコミュニケーションあるいは発表能力を身につけるトレーニングを行います。
本学は、法人化と同時に大学院重点化を達成し、研究重視型の大学として基盤整備を行いました。具体的には、教育研究の高度化を実現するため、平成16（2004）年度に当時の教育?研究一体構造の組織を改組し、全学を横断する研究組織である共生科学技術研究部（平成18（2006）年度に「共生科学技術研究院」に改称）を新設しました。これにより、教員は大部分が研究組織である共生科学技術研究院に所属し、農?工の枠を超えた高度かつ有機的な研究環境の確立とシステム改革を行うことで、農工融合領域における一定の成果を得ることができました。
本学は、この成果を踏まえて、より一層質の高い先導的な研究成果を発信するため、平成22（2010）年4月に従来の1研究院から2研究院に改組しました。全学横断的な研究協力を維持しながら、農工の先端研究の機動的かつ柔軟な実施をさらに加速化し、研究院における新たな分野形成や知の進化、社会や産業のニーズなどの変化に迅速に対応できる研究環境の整備を推進しています。また、教育と研究を分離する研究基軸大学としての研究重視型路線を引き継ぎながら、研究組織と学部を中心とする高度教育組織との連動を本格化し、研究が教育を先導する形で「教育」と「研究」両面での相乗効果を図ります。
一方で、2つの研究院および部門の枠を超えて教員が自由な発想で相互に議論できる知的刺激の場として、「連携リング」を構築し、2研究院間の融合研究活動の促進に向けたさまざまな取組を行っています。
さらに、平成 28（2016）年 4 月から新たな大学院研究組織としてグローバルイノベーション研究院を設置し、本学が重点分野と定める“食料分野”、“エネルギー分野”および“ライフサイエンス分野”を中心に世界と競える先進的研究を推進し、優秀な若手人材を育成しています。